Protein-ligand bağlanma kinetiği

Biyokimya Kd Hesaplayıcı

Protein-ligand bağlanma reaksiyonu için denge disosiasyon sabitini (Kd) ve Gibbs serbest enerjisini (ΔG) otomatik birim dönüşümü ile hesaplayın.

Disosiasyon Sabiti Hesaplayıcı

Denge disosiasyon sabitini (Kd) ve Gibbs serbest enerjisini (ΔG) hesaplayın

Reaksiyon: P + L ⇌ PL

Kd = ([P] × [L]) / [PL] — düşük Kd değeri daha güçlü bir bağlanmayı temsil eder.

Serbest Protein [P]

Serbest Ligand [L]

Bağlı Kompleks [PL]

Sıcaklık (K)

Standart değer 298.15 K (25 °C). ΔG = R·T·ln(Kd), R = 8.314 J/(mol·K).

Disosiasyon Sabiti (Kd)

—

Bağlanma Serbest Enerjisi (ΔG°bind)

—

Biyokimya alanında Kd, bir protein ile ligandı arasındaki ilgiyi (afiniteyi) ölçer. Düşük Kd değeri daha güçlü bir bağlanmayı temsil eder.

Kd, proteinin bağlanma alanlarının yarısının dolu olduğu serbest ligand konsantrasyonudur.

Düşük nM (1–10 nM): yüksek afinite, onaylanmış ilaç etkileşimleri için tipik.
Yüksek nM - Düşük µM (100 nM–1 µM): orta düzey afinite.
Yüksek µM - mM (10 µM–1 mM): zayıf veya özgül olmayan bağlanma.

Gibbs serbest enerjisi ΔG = R × T × ln(Kd) formülü ile hesaplanır. Negatif ΔG kendiliğinden gerçekleşen reaksiyonu gösterir.

Tüm girdiler manuel hesaplama hatalarını önlemek için arka planda molar (M) birimine dönüştürülür.

Kd, bağlanma alanlarının yarısının dolu olduğu serbest ligand konsantrasyonudur. Düşük Kd daha güçlü bağlanmayı gösterir.

ΔG = R × T × ln(Kd) formülü ile hesaplanır. Negatif ΔG reaksiyonun kendiliğinden gerçekleştiğini gösterir.

nM, µM, mM ve M girdilerini karıştırarak kullanabilirsiniz. Dönüşüm otomatik yapılır.

Düşük nanomolar (nM) aralığındaki Kd değerleri yüksek afiniteyi gösterir.